Путешествуя по региону Синно, Сатоши и его друзья посещают прекрасный город Аламос, который славится уникальной достопримечательностью — двумя Башнями пространства и времени, построенными архитектором Годи. Башни необычны тем, что скрывают в себе механизм для исполнения оркестровой музыки. Однако друзьям не удаётся насладиться красотами старинных строений, потому что на город нападает зловещий покемон Даркрай!...
Команда Сатоши продолжает своё путешествие по региону Хоэнн, и в пути они встречает семью Хироми. Они артисты, которые устраивают представления с водными покемонами. Также герои знакомятся с покемон-рейнджером Джеком и узнают о его миссии. За ними по пятам гонится пират Фантом. Что же ему нужно? Сатоши и его друзьям придётся слегка намокнуть ради того, чтобы узнать истину, скрытую в глубинах царства водных покемонов!...
Сатоши вместе с друзьями прибывает в королевство Камарон, чтобы поучаствовать в турнире. Юный тренер покемонов выходит победителем, а в награду получает посох сэра Аарона, который по легенде спас королевство от нападения несколько сотен лет назад. Посох оказывается местом заточения легендарного покемона Лукарио, который вдруг вырывается из него и утверждает, что сэр Аарон никакой не герой, а предатель, бросивший его...
...
Сатоши и его друзья отправляются в Ларусс, где они встречают мальчика по имени Тоои, который после перенесённой четыре года назад психологической травмы боится покемонов. В это время полностью оправившийся после боя Деоксис атакует Хоэнн, установив барьер вокруг города и похищая людей. Покемон по имени Рейкваза, живущий в озоновом слое Земли, приходит, дабы одолеть его....
После участия в Лиге Джото Эш решает начать новое путешествие. На этот раз, вместе с Пикачу, он отправляется в регион Хоэн. Путешествовать в одиночестве долго не пришлось — хоть и не любящая покемонов, но страстно желающая повидать мир Мей присоединилась к ним после того, как Пикачу сломал её велосипед. Компания пополняется, когда Эш знакомится с младшим братом Мей, Максом, и встречает своего старого друга Брока....
Сакаки, лидер команды «R», находит сбежавшего Мьюту в одном из отдалённых районов региона Джото и собирается вновь поймать его, похищая и используя в качестве приманки его подопечных, покемонов-клонов. В это время Сатоши и его друзья попадают в плен к новому члену команды «R» — Домино. Начинается битва за жизнь, во время которой Мьюту предстоит понять, есть ли у покемонов, созданных с помощью науки, предназначение в...
Маму Сатоши, Ханако, похищает могущественный покемон Энтэй, которого люди долгое время считали вымышленным. Происходит это по вине Ми Сноудон — маленькой девочки, пожелавшей вернуть своих родителей. Задача Сатоши — спасти мать и вырвать девочку из её собственных мечтаний, ставших кошмарами по вине загадочных и неукротимых покемонов — аноунов!...