Во время схватки с Аидом в подземном царстве мертвых двенадцать Золотых Святых жертвуют своими жизнями, разрушая стену плача, а также предоставляя Сэйе и его друзьям возможность продвигаться дальше. Айолиа и другие Золотые Святые, которые должны были исчезнуть, возвращаются к жизни на Земле, полной света и красот. Перед компанией возникает вопрос: каким же образом они воскресли, хотя должны быть мертвыми? Пока тайна...
События разворачиваются вокруг девушки по имени Саори Кидо, обеспокоенной своими таинственными силами. Однажды, при покушении засланного киллера, ее спасает некий юноша, представившийся как Сэйя, после чего девушка узнает шокирующую истину — она является реинкарнацией греческой богини — Афины, а Сэйя — один из ее 88 святых. Осознавая свое предназначение, Саори отправляется к Святилищу для ведения войны с тамошним...
...
Давным-давно богине Афине служили воины, называемые «святыми». Они защищали её силой космоса, заключённой внутри них. Теперь же, юноша по имени Сэйя тренируется, чтобы стать одним из святых и заработать мистический доспех Пегаса. Он присоединяется к другим святым, чтобы вместе сражаться за Афину....
...
Прошло три года после возвращения «Ямато» с планеты Искандер. Земляне вернули свою планету с Космореверс и подписали мирный договор с Гамилусом. В дополнение был разработан новый оборонный флот, который включает в себя передовой броненосец «Андромеда». Несмотря на просьбы Старши, Земля идёт по пути военной экспансии. «Ямато» помогает достичь «мира», но его цена забирает слишком много жизней. Тем временем богиня...
2199 год. Инопланетная раса гамилусиан, чья военная мощь в разы превышает силы человеческой цивилизации, нападает на Землю. После обстрела поверхность планеты становится непригодной для жизни, люди уходят под землю, но рано или поздно радиация доберется и туда. Последней надеждой на спасение становится космический линкор Ямато, отправившийся к дружественной землянам расе за технологией Космореверса, которая поможет...
Действие разворачивается в 2199 году, когда инопланетная раса уничтожает жизнь на Земле, а все уцелевшие люди вынуждены спуститься под землю. Но радиация добралась и под землю, и жить там стало практически невозможно. По подсчётам учёных, люди с трудом протянут максимум год. Вступить в открытую схватку с врагом земляне не способны, так как по боевой мощи в несколько раз уступают агрессорам. Но ходят слухи, что есть...