Сатоши и его друзья отправляются в Ларусс, где они встречают мальчика по имени Тоои, который после перенесённой четыре года назад психологической травмы боится покемонов. В это время полностью оправившийся после боя Деоксис атакует Хоэнн, установив барьер вокруг города и похищая людей. Покемон по имени Рейкваза, живущий в озоновом слое Земли, приходит, дабы одолеть его....
...
...
После участия в Лиге Джото Эш решает начать новое путешествие. На этот раз, вместе с Пикачу, он отправляется в регион Хоэн. Путешествовать в одиночестве долго не пришлось — хоть и не любящая покемонов, но страстно желающая повидать мир Мей присоединилась к ним после того, как Пикачу сломал её велосипед. Компания пополняется, когда Эш знакомится с младшим братом Мей, Максом, и встречает своего старого друга Брока....
Пикачу и другие покемоны помогают братьям Пичу попасть на поезд, по пути разбивая лагерь в лесу и укрываясь от дождя на старой водяной мельнице....
Сатоши, Касуми и Такэши попадают в столицу воды — Альтомар. Здесь они совершенно случайно встречают Латиас и Латиоса — покемонов-хранителей сокровища «Капля сердца», о существовании которых в городе ходят легенды. Всемирно известные воровки Заннер и Лион стремятся завладеть таинственным артефактом, и их действия грозят стереть Альтомар с лица земли....
Пикачу и другие покемоны играют в прятки, которые неожиданно превращаются в весьма опасное приключение....
Мальчик по имени Юкинари спасает от охотника на покемонов хранителя леса Селеби, и он, используя свои силы, перемещает их обоих на 40 лет в будущее. Сбитого с толку Юкинари находят Сатоши, Касуми и Такэши, которые, разобравшись в ситуации, помогают ему добраться до целительного озера, чтобы вылечить пострадавшего покемона. Вскоре на них нападает член команды «R» по кличке «Мародёр в железной маске», который намерен...