2031-й год. Люди наслаждаются процветающим существованием, пока на Землю не вторгаются странные формы жизни, называемые «хардинами». Они начинают активно размножаться и нападать на человеческое население. В качестве контрмеры для исследования хардианов и защиты от них человечество организует «N.I.D.F.». Ведущая учёная этой организации, Юно Рукина, изучившая древние скрижали с предсказанием последней битвы...

...

...

Пройдут столетия, прежде чем человечество впервые выйдет на контакт с внеземной расой. Встреча в далёком будущем двух цивилизаций, в результате агрессивной действий инопланетян, приведёт к почти полному уничтожению людей на нашей планете. Прилетев на Землю, Фестумы хотели подчинить все формы жизни, объединив их мышление в одно целое и, в последующем управлять им. Люди, чьи амбиции превыше идей инопланетного разума,...

«Дом, в который можно вернуться. Должно быть, это то, что мы искали». Человечество продолжает вести борьбу с Фестумами — могущественными внеземными существами, чьё появление несколько лет назад поставило на грань исчезновения земную цивилизацию. За долгое время противостояния многое изменилось: вчерашние враги становятся союзниками, а разрозненные коалиции людей не могут объединиться перед лицом общей угрозы из-за...

2150 год после рождения Христа. Битва против внеземных существ, именуемыми Фестумами, достигла нового уровня. Последствия «Лазурной операции», проведённой «Альвисом», привели к полному разрушению поселения Миров (одной из расы Фестумов), находящегося на Северном полюсе. В результате фрагменты Миров разбросало по всему свету, но что самое удивительное — эти фрагменты начали существовать как единая и независимая...

С момента последней крупной схватки с Фестумами минуло 2 года. Жители острова Тацумия постепенно возвращаются к своей прежней размеренной жизни. Казуки Макабэ, ослепший с тех пор, с каждым днём всё больше теряет веру в обещание, данное ему Соши прямо перед своим исчезновением, что он вернётся, и всё вновь станет по-прежнему. Но всё меняется однажды ночью с появлением неопознанной подводной лодки в бухте острова...

Юми Икома и Рё Масаока — дети, которые были выбраны для участия в секретной миссии. Они должны стать пилотами первых Фафниров — последний шанс на выживание для человеческой расы. Враг безжалостен и беспощаден, обладает способностью читать мысли людей. Поэтому детали этого задания хранятся в тайне даже от персонала. Молодые пилоты должны использовать все свое мужество и веру для того, чтобы выжить и завершить свою...