Сатоши, Касуми и Такэши попадают в столицу воды — Альтомар. Здесь они совершенно случайно встречают Латиас и Латиоса — покемонов-хранителей сокровища «Капля сердца», о существовании которых в городе ходят легенды. Всемирно известные воровки Заннер и Лион стремятся завладеть таинственным артефактом, и их действия грозят стереть Альтомар с лица земли....
Мальчик по имени Юкинари спасает от охотника на покемонов хранителя леса Селеби, и он, используя свои силы, перемещает их обоих на 40 лет в будущее. Сбитого с толку Юкинари находят Сатоши, Касуми и Такэши, которые, разобравшись в ситуации, помогают ему добраться до целительного озера, чтобы вылечить пострадавшего покемона. Вскоре на них нападает член команды «R» по кличке «Мародёр в железной маске», который намерен...
Маму Сатоши, Ханако, похищает могущественный покемон Энтэй, которого люди долгое время считали вымышленным. Происходит это по вине Ми Сноудон — маленькой девочки, пожелавшей вернуть своих родителей. Задача Сатоши — спасти мать и вырвать девочку из её собственных мечтаний, ставших кошмарами по вине загадочных и неукротимых покемонов — аноунов!...
Жадный коллекционер покемонов Гелардан стремится поймать Лугию, чтобы пополнить свою коллекцию. В качестве приманки для своей основной цели Гелардан тревожит и ловит Запдоса, Артикуно и Молтреса — легендарных покемонов-птиц, управляющих элементами молнии, льда и огня соответственно. Из-за этого природный баланс на Земле рушится, и жизнь на планете зависит от того, смогут ли таинственный «избранный» и Лугия...
С помощью генной инженерии учёные начали воссоздавать редких и вымерших покемонов по анализу ДНК. Однажды, в одной из секретных лабораторий, вывели Мьюту. Он был создан из ДНК легендарного покемона — Мью. В это же время нашим героям — Эшу, Мисти и Броку — приходит приглашение на боевой турнир покемонов. Что ждёт ребят? Кто тайный организатор турнира? Сможет ли Эш стать чемпионом?...
...
...
Веками бог по имени Целестин был заключён на луне за предательство королевства Иггдрасиль. Освобождённый феей Морган Ле Фей, Целестин отправляется на Землю, чтобы воссоединяться со своей бывшей ученицей, богиней Верданди. Но всё идёт не так, как надо, когда Целестин стирает у Верданди память о её парне Кэйити (森里螢) и начинает использовать богиню в качестве катализатора для того, чтобы принести разрушение на Землю и...