Действие происходит в далёком будущем, когда человечество расселилось по всем уголкам Вселенной и межгалактические перелёты стали реальностью. Хироси Умино — молодой парень, мечтающий обзавестись своим собственным кораблём и отправиться бороздить просторы космоса. Целеустремлённый Хироси отправляется на планету Дайбаран, так как слышал, что его кумир Тотиро Ояма когда-то построил из находящихся там энергетических...
...
...
...
...
Десять лет назад Нагатэ Таникадзэ отразил атаку Гауна и спас «Сидонию», последний дом человечества. С тех пор жители корабля наслаждаются мирной жизнью. В это спокойное время Цумуги Сирауи осознаёт свои чувства к Нагатэ, которого теперь прославляют как героя. Однако капитан Кобаяси всегда знала: пока где-то во Вселенной существуют Гауна, мир не может длиться долго. Близится последняя битва, от которой будет зависеть...
...
Однажды пять школьников — Рэй, Анна, Тайлер, Халли и Эйскэ — странным образом оказываются замешаны в таинственных событиях. Группа инопланетян, известная как «Серые», похищает сестру Халли и вживляет ей в мозг специальный чип. Ребята пытаются спасти девушку, а также разузнать о существовании инопланетных созданий, однако всё больше оказываются вовлечены в цепочку мистических событий, связанных с их появлением. И чем...