Действие «Могилы Светлячков» разворачивается в сороковые годы прошлого века, в последние месяцы Второй Мировой войны. Положение Японии удручающее – солдаты гибнут на войне, которая уже кажется проигранной, мирному населению не хватает пищи. Главные герои аниме – юноша по имени Сэйта и его младшая сестра Сэцуко - живут в городе Кобэ с матерью. Отец в это время служит в Императорском Флоте, и от него пока нет вестей....

В далёком будущем наша планета стала неживой пустыней. Остатки населения прячутся от гигантских монстров – керю, что означает «ревущие драконы». Единственная надежда оставшихся в живых людей – передвижные фортификационные станции. Существует лишь только одна такая передвижная станция, названная Плантацией, на которой детей учат с малых лет искусству ведения боя на огромных роботах, которые носят название Франксы....

События разворачиваются в 13-м веке, когда Монгольское иго завоёвывало всё новые территории. Теперь же они решают напасть и на Японию, начиная с одного из известных островов. Только вот никто им не собирается так просто отдавать территорию и правитель решает разобраться с этой ситуацией и дать отпор врагам по-своему. Он отправляет в ссылку ряд мужчин, которые провинились по разным статьям. Среди них и гавный герой -...