Сюжет охватывает две временные ветки: одна рассказывает об инциденте в городке Нибельхайм с участием Зака, Клауда, Тифы и Сефирота; другая хронологически происходит после первой и рассказывает о побеге Зака и Клауда из научной лаборатории мегакорпорации «Shinra Inc.»....
Спустя два года после событий, описанных в «Final Fantasy VII», мир только начинает восстанавливаться и прокладывать себе дорогу к новому будущему. Однако появились и новые угрозы: болезнь Геостигма и три загадочных человека, которые, по-видимому, разыскивают Дженову. Клауд и его друзья из оригинальной игры должны объединить свои силы еще раз, чтобы противостоять новой опасности....
Прославиться в столице — это мечта любого деревенского парня. Главный герой, Тацуми, не стал исключением. Решив, что хочет спасти свою деревню, он отправляется в столицу вместе со своими друзьями, ведь именно там легче всего заработать деньги — вернее, он так считал. В первый же день в столице его обводят вокруг пальца, оставив без денег. Казалось бы, теперь всё потеряно... Ни денег, ни работы, абсолютно ничего....
...
Озу Безариусу, наследнику одного из четырёх Великих Домов, исполняется пятнадцать лет. Жизнь он ведёт богатую и беззаботную, омрачённую лишь постоянным отсутствием отца. Но всё меняется в день его рождения, когда безо всякой причины Оза арестовывают и бросают в «Бездну». Бездна — это параллельный мир с отличными от нашего законами и странным течением времени, это место, где обитают демоны, называемые «цепями»....
...
Тоёхиса Симадзу — легендарный самурай эпохи Сэнгоку — принимает участие в великой битве при Сэкигахаре. В неравной схватке с отрядом вражеского полководца по имени Наомаса Ии он получает тяжелое ранение. Истекающий кровью, Тоёхиса с трудом пытается уйти с поля боя, но, вдруг, неизвестным образом попадает в длинный коридор из дверей, где его ожидает человек в очках. Этого человека зовут Мурасаки. Он великодушно...
Приложение к пятому тому манги «Скитальцы». Представляет собой немного изменённую версию первых двух эпизодов вышедшего позже аниме-сериала....