События в городе Аламос принесли за собой ряд глобальных изменений в атмосфере. Завеса измерений стала хрупка, что позволило легендарному покемону Гиратине покинуть пределы своего измерения и вступить в бой с Диалгой. По какой-то причине под раздачу попал и маленький покемон Шеймин. Убегая от гнева Гиратины, она прибивается к месту пикника Сатоши, Хикари и Такэши. Юные путешественники решают отнести ослабевшую...
Путешествуя по региону Синно, Сатоши и его друзья посещают прекрасный город Аламос, который славится уникальной достопримечательностью — двумя Башнями пространства и времени, построенными архитектором Годи. Башни необычны тем, что скрывают в себе механизм для исполнения оркестровой музыки. Однако друзьям не удаётся насладиться красотами старинных строений, потому что на город нападает зловещий покемон Даркрай!...
После участия в Лиге Джото Эш решает начать новое путешествие. На этот раз, вместе с Пикачу, он отправляется в регион Хоэн. Путешествовать в одиночестве долго не пришлось — хоть и не любящая покемонов, но страстно желающая повидать мир Мей присоединилась к ним после того, как Пикачу сломал её велосипед. Компания пополняется, когда Эш знакомится с младшим братом Мей, Максом, и встречает своего старого друга Брока....
Пикачу встречает братьев Пичу и вместе с ними отправляется в путешествие по городу, пытаясь вернуться к своим друзьям....
Маму Сатоши, Ханако, похищает могущественный покемон Энтэй, которого люди долгое время считали вымышленным. Происходит это по вине Ми Сноудон — маленькой девочки, пожелавшей вернуть своих родителей. Задача Сатоши — спасти мать и вырвать девочку из её собственных мечтаний, ставших кошмарами по вине загадочных и неукротимых покемонов — аноунов!...
Пикачу и его друзья должны спасти потерявшегося Тогепи....
Жадный коллекционер покемонов Гелардан стремится поймать Лугию, чтобы пополнить свою коллекцию. В качестве приманки для своей основной цели Гелардан тревожит и ловит Запдоса, Артикуно и Молтреса — легендарных покемонов-птиц, управляющих элементами молнии, льда и огня соответственно. Из-за этого природный баланс на Земле рушится, и жизнь на планете зависит от того, смогут ли таинственный «избранный» и Лугия...
Сатоши и его друзья посещают парк для покемонов. После того, как Пикачу получает наказ следить за Тогепи, начинается день веселья и отдыха. К сожалению, в итоге всё получается далеко не так, как было задумано....