В Токио 2039 года, через десятилетие после охватившего страну вируса, прозванного позже «Апокалипсис», всё находится под контролем мультинациональной организации GHQ, проводящей опыты в области генной инженерии. Сю Ома — обычный школьник в переходном возрасте, с людьми не особо ладит, хотя мечтает завести друзей и перестать быть таким неудачником. Однажды он встречает Инори, участвующую в группе сопротивления...

Икэбукуро — один из районов Токио. Непонятные, волнующие, а порой и опасные события случаются здесь: фармацевтические компании проворачивают тёмные делишки, люди пропадают бесследно, местные банды воюют по одним им понятным причинам, и безголовый мотоциклист на чёрном байке мчится по улицам... Впрочем, последнее — всего-лишь легенда для туристов. Привыкший к размеренной и тихой жизни Микадо Рюгаминэ по приглашению...