Второй сезон аниме «Некий научный Рейлган» продолжит знакомить нас с историей Мисаки Микото. Она продолжает раскрывать тайны экспериментов над эсперами 5-го уровня. Ещё недавно девушка, как и большинство других, полагала, что это лишь досужие слухи. Но вскоре девушке пришлось столкнуться с суровой правдой. Это не только правда, но и она сама является участницей этих экспериментов. Знакомство с ученицей старшей школы...

На небольшом малонаселённом острове Мияка, расположенном недалеко от Токио, среди учащихся старших школ проводятся соревнования между женскими командами – гонки на мотоциклах с колясками. Обязательное условие для участия в них – пассажирка и водитель. За исправность транспорта отвечают механики-девушки, состоящие в школьном гоночном клубе. Однажды судьба сводит двух совершенно разных школьниц, вдохновлённых...