Второй сезон аниме «Некий научный Рейлган» продолжит знакомить нас с историей Мисаки Микото. Она продолжает раскрывать тайны экспериментов над эсперами 5-го уровня. Ещё недавно девушка, как и большинство других, полагала, что это лишь досужие слухи. Но вскоре девушке пришлось столкнуться с суровой правдой. Это не только правда, но и она сама является участницей этих экспериментов. Знакомство с ученицей старшей школы...

События аниме также происходят в современном мире, где магия и волшебство являются обычным явлением, а люди живут рядом с зомби, вампирами, магами и прочими магическими существами. Главный герой – парень по имени Аюму Айкава, непростой персонаж: его воскресили из мёртвых, и вернувшись с того света, он стал обладать магическим даром и сверхъестественными способностями. На своём длинном и мистическом пути юноша...

Айкава Аюму был обыкновенным старшеклассником, до той памятной встречи на выходе из магазина. Столкнувшись с красавицей в доспехах, он ещё не подозревал, что буквально через час будет убит и тут же воскрешён. Причём к жизни его вернёт новая знакомая, оказавшейся могучей некроманткой по имени Юкливуд Хеллсайт, для друзей просто Ю. Девушка не просто подымает его из мёртвых, но и делится частью собственной силы. Он...