Сюжет фильма разворачивается в Сингапуре, впервые за пределами Японии, в знаменитом отеле Marina Bay Sands, ставшим местом убийства. Речь в фильме пойдёт о большом драгоценном камне, известном как «голубой сапфир», который в конце 19 века бесследно исчез на дне океана. И в тот момент, когда пропавшую реликвию находят, Макото Кёгоку, непобедимый мастер каратэ с 400 победами, становится свидетелем её воровства...
...
В здании телевидения Нитиури, в котором проходит Кубок Сацуки на соискание победителя в японском Хякунин Иссю, происходит взрыв. Инцидент приводит к большому волнению, и, хотя здание сгорает дотла, единственные люди, оставшиеся внутри, — это Хэйджи и Казуха. Но их спасает Конан, который вовремя успел на место происшествия. Личность и цели террориста неизвестны. В то время как из-за случившегося взрыва разгораются...
Шиничи Кудо — детектив-старшеклассник, прозванный за свои потрясающие успехи в раскрытии самых сложных преступлений «современным Шерлоком Холмсом». Шиничи обожает вмешиваться в расследования полицейских и выводить преступников на чистую воду. Только вот однажды его любопытство сыграло с ним злую шутку. На свидании со своей подругой детства, Ран Мори, Шиничи стал свидетелем преступления, совершаемого загадочными...
Конан с друзьями идёт в новый Токийский аквариум. Там, под колесом обозрения, он замечает девушку с разноцветными глазами. Она не помнит ни своего имени, ни своего прошлого. Конан обещает помочь девушке и вернуть её воспоминания....
...
...
Кайто Куроба — обычный подросток. После смерти отца по мистическим обстоятельствам он узнает о его тайне: раньше он был известен в уголовном мире под делом 1412 как "Вор-Фантом" и был убит тайной организацией, потому что отказал помочь похитить "Пандору", волшебный камень, что дарует бессмертие. Кайто клянётся, что никогда не позволит убийцам, которые убили его отца, найти камень и жить вечно, а...