Действие «Могилы Светлячков» разворачивается в сороковые годы прошлого века, в последние месяцы Второй Мировой войны. Положение Японии удручающее – солдаты гибнут на войне, которая уже кажется проигранной, мирному населению не хватает пищи. Главные герои аниме – юноша по имени Сэйта и его младшая сестра Сэцуко - живут в городе Кобэ с матерью. Отец в это время служит в Императорском Флоте, и от него пока нет вестей....