Археологам довелось обнаружить ранее неизведанную гробницу одного из египетских богов, Анубиса, который после этого воскрес из многовекового сна, чтобы одолеть Фараона. Тем временем закончился Баттл-Сити — турнир, устроенный Сэто Кайбой, чтобы заполучить карты трёх всесильных богов, и теперь Юги, одержавший победу в турнире, стал известен во всём мире. Также Сэто узнаёт, что у Пегаса есть карта, способная одолеть...

«Дуэльные монстры» — карточная игра, аналог «Игры теней» в Древнем Египте, 3000 лет назад. Школьник Юги Муто сумел собрать «Головоломку тысячелетия» — древнеегипетский артефакт, который когда-то нашёл в экспедиции его дедушка Сугороку Муто. Собрав его, Юги обретает второе «я» — душу египетского фараона, заточённую три тысячи лет назад. Теперь мальчик делит своё тело с душой фараона, который ничего не помнит о своём...

Обычный паренёк по имени Сёго Аояма имеет в своём распоряжении довольно необычную карту — «Красноглазый чёрный дракон». Однако Сёго лишь хвастается карточкой, ведь в дуэлях он не участвует. К нему на помощь приходят Юги и Кацуя. Их цель — научить этого парня играть в «Дуэльных монстров»!...

Юги Муто — отчасти хрупкий молодой мальчик, который, оказывается, большой поклонник игр любого рода. Но когда он решает древнюю египетскую головоломку, Юги получает все силы тьмы. Теперь, столкнувшись с опасностью и несправедливостью, он превращает эту силу в гораздо более тёмную и опасную форму и приступает к сражению за справедливость и наказание....