1863 год эпохи Эдо. Япония уже долгое время страдает от политических разногласий, выливающихся в жестокие уличные столкновения и убийства. В Киото сформировывается новый отряд самураев для восстановления порядка и поддержки сил Айдзу — Росингуми. Однако прошлое членов отряда и подрыв авторитета уже разделили его на две противоборствующие стороны, возглавляемые жестким и самоуверенным Камо Сэридзавой с одной стороны...

История продолжается с момента, где закончился первый сезон. Просуществовав 260 лет, эпоха Эдо завершилась, и началась эпоха Мэйдзи. Численное превосходство и мощь огнестрельного оружия всё дальше оттесняют оставшихся в живых войнов Синсэнгуми, которые теперь направляются на помощь и защиту клана Айдзу. К тому же, проблема с Расэцу до сих пор ещё не решена....

Тидзуру Юкимура — дочь доктора, покинувшего Эдо ради работы добровольцем в Киото. Спустя некоторое время она начинает волноваться, ведь отец так и не связался с ней, поэтому решает отправиться в Киото, чтобы разыскать его. В пути на Тидзуру нападают разбойники, а позже она становится свидетелем битвы между Синсэнгуми и демонами. Воины спасли девушку, но взяли под стражу, чтобы решить, что же делать с ней дальше....