К югу от Японии расположен покрытый буйной зеленью остров Южного Креста. Однажды ночью на его берег выносит юношу по имени Такуто Цунаси. Приплыв из Японии в одиночку и без каких-либо вещей, он поступает в Старшую Школу Южного Креста. Будучи личностью яркой и позитивной, Такуто быстро сходится с одноклассниками, включая Вако Агэмаки и Сугату Синдо. Между тем, школа хранит в себе секрет — в её подземельях спрятаны...

История разворачивается вокруг ученика старшей школы Даичи Манацу, отец которого был астронавтом и погиб в результате несчастного случая. Однажды вечером он видит по телевизору странную радугу, что зависла над островом Танэгашима. Увиденное пробуждает в нем старые воспоминания о том, что когда-то он уже видел эту радугу, а также о таинственном друге из его детства и странной девочке, которую они нашли под...

В ХХ веке между людьми и монстрами разразилась настоящая война. С тех пор, держась в тени, монстры стали повелевать миром. Мальчик по имени Бокка Серенада, изучая всё произошедшее, пытается понять, что же сталось с воинами Мелоса, отважно защищавшими мир от демонов. Вскоре он встречает Курофунэ и узнаёт о силе Мелоса. Только воины Мелоса могут видеть и слышать Мелодию Забвения — призрачную девушку, скрытую и...